目前，南京市内有3条地铁线路运营，分别是地铁1号线、地铁3号线和地铁S8号线。 其中，地铁1号线北起鼓楼区的玄武门站，南至江宁区的中国药科大学站；地铁3号线北从新庄广场北站，南到秣陵街道的南京林业大学新庄校区站；地铁S8号线东北起仙林湖站的南京师范大学站，西南至泰山路站的理工大学科技园西站。 在三条地铁线中，地铁1号线与地铁3号线是贯通运行的。乘客在南京站乘地铁的话，可以选择乘坐1号线或3号线。
以南京站为中心，向东可乘1号线到达新街口商圈、夫子庙景区和南京航空航天大学，向北可到达鼓楼区和北京东路上的南京大学；向南乘3号线可达雨花台区赛虹桥商圈以及南京南站；向西乘S8号线可到南京信息工程大学以及江苏警官学院。 值得注意的是，因为地铁1号线和3号线是贯通运营的，所以在上下客时可能会遇到“前后门”的情况，这时乘客不要慌张，根据工作人员的指示进行操作即可。
逮楠彤优质答主地铁一号线 途径南京站的地铁线路主要有1号线和3号线。其中1号线途径新街口、鼓楼等市中心地段，可直达鼓楼医院；3号线可直达市中心的新街口，另外在鼓楼站可换乘1号线前往鼓楼医院。南京南京火车站共有南北两个站房，两个站房通过一个长300多米，宽30多米，高18多米的亚洲最大的室内中厅相连。中厅内设长途汽车站和地铁车站，可实现火车、地铁和汽车等旅客运输方式的无缝换乘。 站房地上三层、地下二层。
一楼为南北进站大厅和售票大厅；二楼为南北候车室；三楼为VIP候车室、办公用房；地下一层为两站房之间的换乘中厅和地铁车站；地下二层为地铁通道。南站房建筑面积23530平方米，北站房建筑面积19079平方米，两站房合称南京站，南京站建筑面积共计42609平方米，站内设计日均发送旅客100000人次。南京站位于京沪线、宁西线上行正线，站房东西两侧均设京沪正线。南京站的主体线路为7股12条线。
京沪两对本线始发终到动车和一对跨线动车停靠在到发线，其他列车均停在正线上。在南京站两侧有几条联络线可到达南京东站及浦口区，有几条存车线可供机车车辆停留，还有几条线路可从新街口附近的中华门货场去往市区的三棵树货场。
